私底下签署的股权出资协议，在符合《中华人民共和国民法典》的规定和公司章程的前提下，是有效的。协议在双方自愿、平等、协商一致的基础上成立，自签名、盖章或按指印时生效。但如果违反法律、行政法规或公司章程，协议将可能被视为无效，可能导致双方权益受损，甚至承担法律责任。
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对于私下签署的股权协议，首先要审查其合法性，确认是否违反公司章程。依据相关法律法规进行处理，以确保协议的效力。