扣除200%违约金在刚租但尚未入住的房子上不合法。《民法典》规定，违约金不得超过造成损失的30%，因此要求赔偿200%的违约金不合理且不合法。若违约金设定过高，可能面临法律调整，甚至被视为无效。
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处理方式如下：1.与出租方协商，指出200%违约金的不合理性，尝试降低至合理范围。2.若协商无果，可咨询律师，了解法律对高额违约金的限制规定。3.如出租方坚持不合理要求，可准备相关证据，提起诉讼，请求法院调整违约金。
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常见处理方式是协商调整违约金至合理范围，或请求法律机构介入调整。若遇到不合理违约金，应首先尝试与对方协商，协商不成可寻求法律援助或提起诉讼。